之前已经介绍过 Slurm 基本指令的学习,于是我准备新开一个笔记,来一个综合应用:在超算平台能跑个深度学习模型。
在很多教程都是教大家加载 conda 环境变量,重新安装一个。
而我感觉只要平台有,就用平台的,因此先用 module avail
看看有没有可以使用的环境
刚好我在太原超算看到 apps/Pytorch/1.8.0-dtk21.04-cp6
,本着能用尽用的原则,以此来进行我的教程,当然最后也附带了从零开始制作自己的环境教程。
手动挡
- 查看队列:
whichpartition
- 申请节点:
salloc -p 队列名 -N 1 --gres=dcu:1
,ps:看看自己账号能申请多少个 dcu;salloc 具体参数根据情况配置,我这里只是假设。(等待出现:salloc: Nodes b09r3n18 are ready for job
,后来可能附带冲突关系不用理会!,目测是因为开辟的新节点与当前环境变量冲突,开辟的新节点由于需要 DCU,会自动加载compiler/devtoolset/7.3.1
、)mpi/hpcx/2.11.0/gcc-7.3.1
、compiler/dtk/22.10.1
(随着时间变化可能不同)) - 登录节点:
ssh b09r3n18
,注意登录之后,原来的环境变量已经被切换了 - 这一步可能省略,由于我要加载的 pytorch 需要 21.04 版本的 dtk,因此需要使用:
module switch compiler/dtk/21.04
- 加载 pytorch 预设环境变量:
module load apps/Pytorch/1.8.0-dtk21.04-cp6
- 启动 python 环境测试,
python3
,注意:有些超算平台可能存在 python2,如果输入 python,会进入 python2,而我们可以通过module show apps/Pytorch/1.8.0-dtk21.04-cp6
看到这是安装 python3.6.8 下的。 输入
import torch
、torch.cuda.is_available()
、torch.__version__
,如果输出无误,就可以 ctrl+D 退出 python 环境,在登录的节点运行python xxx.py --batch_size=8
->当然这是单卡运行自动挡-sbatch 式
自己建立. sh 作业提交脚本,
首先也需要查看队列:whichpartition
以及查看面板的可用资源,再编写。不能在登录的计算节点里使用作业提交脚本,当提交 sh 文件,相当于使用 salloc 分配,系统会自动进入开辟的空间。
test. sh:
#!/bin/bash # 作业名称 #SBATCH -J weather_classification # 指定队列,通过`whichpartition`看 #SBATCH -p ty_normal # 节点数,可以看首页的可访问队列有多少空闲节点 #SBATCH -N 1 # 运行的任务数量 #SBATCH -n 2 # 表示每个任务占用多少个CPU,也就是说-n * -c = CPU核数!现在说明申请4核。 #SBATCH -c 2 # 需要1个dcu,后面的数字根据首页的加速卡数量,如果是英伟达GPU,改成gpu:1即可 #SBATCH --gres=dcu:1 #SBATCH -o %j.out #SBATCH -e %j.err module swtich compiler/dtk/21.04 module load apps/Pytorch/1.8.0-dtk21.04-cp6 python3 test.py
注意:python3!
test. py:
import torch print(torch.cuda.is_available()) print(torch.__version__)
最后执行 sbatch test.sh
有时候输出 sbatch: error: Batch job submission failed: Requested node configuration is not available
,说明申请的资源不可取,太大了。
扩展-从零开始制作自己的环境教程
当然,官方安装的有些包是不存在的,这时候我们就不能依赖官方的,需要激活 conda 环境以安装。
- 首先通过
module avail
看看有什么版本的 anaconda,正好看到 apps/anaconda3/5.2.0,于是通过module load apps/anaconda3/5.2.0
激活。 - 然后
conda create -n torch python=3.6.8
创建环境,source activate torch
在这个环境安装一些不在系统预存的包需要附带-i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
加速安装。(注销是:source deactivate
) - 适用
pip3 install /public/software/apps/DeepLearning/whl/dtk21.04.1/torch-1.7.0a0-cp36-cp36m-linux_x86_64.whl
安装适配 DCU 的 pytorch 教程 (其它东西都在这类/public/software/apps/DeepLearning/whl/
目录找找,能安装 paddlepaddle、tensorflow 等等;dtk 建议老版本,毕竟稳定最重要了;为什么在前面安装 python 3.6.8 版本,看吧,原因就在这里,这 whl 也只适合 36) - 之后安装自己需要的包即可。注意:在老版本 python 安装 opencv,需要指定版本,例如版本 4.3.0.38,不然会报错。
添加环境变量。当引用 torch 可能会出现如下错误,
ImportError: libglog.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
,这时需要vi ~/pytorch_env.sh
- `export LD_LIBRARY_PATH=/public/software/apps/DeepLearning/PyTorch_Lib/lib:/public/software/apps/DeepLearning/PyTorch_Lib/lmdb-0.9.24-build/lib:/public/software/apps/DeepLearning/PyTorch_Lib/opencv-2.4.13.6-build/lib:/public/software/apps/DeepLearning/PyTorch_Lib/openblas-0.3.7-build/lib:$LD_LIBRARY_PATH
`
- 保存并退出,然后执行
source ~/pytorch_env.sh
。以后每次登录新的节点时,都要执行一次。
编写脚本
#!/bin/bash # 作业名称 #SBATCH -J weather_classification # 指定队列,通过`whichpartition`看 #SBATCH -p ty_normal # 节点数,可以看首页的可访问队列有多少空闲节点 #SBATCH -N 1 # 运行的任务数量 #SBATCH -n 1 # 表示每个任务占用多少个CPU,也就是说-n * -c = CPU核数! #SBATCH -c 1 # 需要1个dcu,后面的数字根据首页的加速卡数量,如果是英伟达GPU,改成gpu:1即可 #SBATCH --gres=dcu:1 #SBATCH -o %j.out #SBATCH -e %j.err module load apps/anaconda3/5.2.0 source activate torch module switch compiler/dtk/21.04 python test.py
最后,提醒大家:
丹规千万条,核时第一条。关炉不规范,钞票两行泪!
手动挡,一定记得要释放啊!
自动挡,注意飙车时间。